在这里通常所说的荧光显微镜则是从光学显微镜的基础上进行发展而来的，与普通的光学显微镜的主要区别则就是荧光显微镜通常是使用超高的压汞灯作为光源的。

这样能够提供带有光照明并通过特殊的投射方式进行照射到样品标本表面上，由于产生的荧光显微镜荧光是非常弱的，所以荧光显微镜物镜就需要足够大的数值孔径。才能够得到所有的荧光显微镜荧光，这就是说因此在使用荧光显微镜物镜的数值孔径大于普通的显微镜数值孔径。在条件相同的情况下，荧光显微镜的分辨率则会高于光学显微镜，同时荧光显微镜上面有一个特殊的滤色系统，分别是激发滤色系统与荧光接收系统。